La corteza de un Idiazabal debe ser dura y lisa, pudiendo presentar ligeras señales de los paños utilizados y sin marcas de agentes extraños. En una de las caras pueden quedar ligerísimas marcas de la bandeja que durante tiempo sirvió de apoyo para su maduración. El color de la corteza de la variedad natural es beige amarillento (si ha sido cepillado fuertemente con agua) o gris blanquecino (caso de cepillado suave en seco). En los quesos ahumados el color recuerda al ocre amarronado o caldera. El proceso de ahumado, no obstante, requiere que la corteza sea previamente lavada concienzudamente.

Se considera defectuosa la corteza arrugada, reblandecida o sucia, así como la que presenta grietas, hendiduras o mohos que originen manchas coloreadas. La corteza del Idiazabal no debe ser ingerida.