Según su edad, el Idiazabal presenta un color mate que está comprendido en la gama del blanco marfil al amarillo pajizo. El color será homogéneo por lo que un posible defecto de los quesos es la presencia de tonalidades de color diferente en la pasta. Una incorrecta homogeneización del cuajo durante la elaboración y/o irregular distribución de temperatura, humedad y ventilación en la sala de maduración, de forma que los procesos de maduración presentan diferente actividad en distintas áreas del queso pueden ser las posibles causas de esta errónea coloración.

El queso suele presentar un cerco estrecho y ligeramente oscuro en el borde, más amarronado en los quesos ahumados. Este cerco es más ancho y oscuro a medida que el queso está más curado. En general es mayor en los quesos de menor tamaño.

En determinados casos, muy aislados, pueden desarrollarse pequeñísimas coloraciones azules debidas al crecimiento de mohos en el interior. Su origen puede ser interno y surge durante el proceso de elaboración, o exterrno cuyo origen puede deberse al ambiente de la sala de maduración.

Aunque este defecto no plantea problemas sanitarios ni gustativos es causa de penalización fuerte durante la valoración de los quesos.

El Idiazabal, por ser un queso elaborado a partir de leche pura de oveja, y por lo tanto con mayor contenido en materia grasa, no es tan blanco como los de cabra o vaca. Por tanto, se penalizan los quesos excesivamente blancos, “no característicos”.

Por otra parte, los quesos muy oscuros dan sensación de suciedad. A medida que el queso madura el color de la pasta se oscurece, fundamentalmente por efecto de la degradación avanzada de grasas y proteínas. En un queso semicurado, el color no debe ser muy oscuro ya que esto puede responder a una mala calidad microbiológica de la leche de partida.